首先，注射疫苗的作用是預防，也就是疾病防線的一級防禦，目的是對那些難治的，不能治療且危害性嚴重的疾病給予最好的預防措施。HPV疫苗雖然目前還存在一定的局限性，最高價別的HPV疫苗——九價HPV疫苗也僅僅包含7中亞型高危病毒，而引起宮頸癌的高危型HPV亞型卻有十多種。因此即使接種了HPV疫苗，也必須定期進行宮頸癌篩查。
但是，無不否認HPV疫苗仍然是預防宮頸癌的最佳防線之一，因為2價、4價疫苗仍然可以預防70%的宮頸癌，而9價疫苗可以預防90%的宮頸癌，因此現在接種HPV疫苗的年輕女性，20年後，宮頸癌的發病率將大幅度下降。