白白破疫苗副作用，主要來自百日咳索克的菌體成分引起的，接種未吸附疫苗12—24小時，局部可有紅腫、疼痛、發癢，個別人注射後注射側腋下淋巴結腫大；接種含有吸附劑的疫苗，注射局部可形成硬結或無菌性膿腫；此外，還會出現偶見皮疹及血管神經性水腫。
另外，有部分孩子可能會出現38℃以上的發燒，尤其是接種未吸附疫苗更為常見，這時家長可採用藥物降溫與物理降溫的方法，具體用藥最好能在醫生指導下使用，如果持續一段時間都沒有恢復正常，應該及時就醫。
此外，極個別接種後兒童，可能會出現過敏反應，或驚厥、抽搐、尖聲哭叫等神經系統併發症。但是，這類異常反應的發生率極低，並不影響免疫接種方針的推行。
雖然百白破疫苗存在一定的副作用，但無損它對嬰幼兒的好處和防護，所以家長們一定不能「諱疾忌醫」，該接種的疫苗還是要接種的。此外，如果你還是擔心疫苗問題，可以選擇到香港接種疫苗，香港疫苗全部由特區政府通過全球統一招標採購而來的，招標條件非常嚴苛。而且無論產地在何處的疫苗，都必須先在香港註冊，與國際慣例一樣，只有安全、有效和品質良好的藥品才可獲得註冊並供應香港市場。