羊水穿刺是一種直接獲取胎兒標本的方法，準確率接近100%，具有檢出率高、準確率高等優點。同時，羊水穿刺屬於有創檢查，細針進入羊膜腔，也可能導致流產、感染等併發症，其中以流產較常見，穿刺後流產的發生率大約千分之三左右，這一概率不僅與穿刺醫生和超聲醫生的經驗有關，也與孕周和孕婦自身體質密切相關。
因此，由於羊水穿刺存在一定的併發症，因此不少醫生極力反對利用羊水穿刺進行親子鑒定，相反他們會更加建議准爸媽選擇安全性更高的親子關係鑒定基因測試。