羊水穿刺，即羊膜腔穿刺，是一種有創產前診斷技術，應用範圍比較廣。羊水穿刺進行親子鑒定的最佳時間為17-26周，這個時期胎兒發育已逐漸平穩，且羊水相對豐富，胎兒周圍有較寬的羊水帶。在超聲即時監護下，醫生會用細針經腹部穿刺穿過子宮壁，進入羊膜腔後抽取少量羊水。
由於羊水中含有大量的胎兒脫落細胞，可以有效的反應胎兒的基因概況，將羊水中的胎兒細胞收集起來，培養2周後經過特殊處理，得到胎兒染色體並進行核型分析，以獲取有關胎兒的資訊。