幾年前內地還未批准宮頸癌疫苗上市時，很多女性都選擇到香港注射疫苗，不少女性都表示出現了不同程度的不良反應。
而在日本，關於宮頸癌疫苗的副作用更是鬧得沸沸揚揚，不止多名女性起訴政府，日本國內更組織了「宮頸癌疫苗」被害者聯絡會抵制HPV疫苗。迫於輿論壓力的政府只好停止鼓勵女性接種HPV疫苗，而這種行為也遭到了世衛組織的點評批評。
2015年，一位英國女孩稱接種HPV疫苗後出現癱瘓的副作用......
各種有關「HPV疫苗副作用」的流言蜚語，令到世界各地的衛生部門不得不重視HPV疫苗的安全性問題，結果顯示「沒有可靠證據表明宮頸癌會導致一系列的慢性疾病」；歐洲藥品管理局也排除了，HPV疫苗與體位性心動過速綜合症（POTS）的關係。
事實上，任何疫苗都會出現不良反應，但大多都屬於輕至中度的不良反應，如注射部位出現疼痛、紅腫等；接種後出現全身不良反應，包括疲勞、肌肉痛、頭痛、發熱、關節痛；以及一些免疫系統的應急反應，如蕁麻疹、皮疹、腸道癥狀等，這些都能在短期內自行緩解；只有極少數人出現嚴重不良反應，如器官衰竭等。因此接種疫苗需在疫苗接種中心逗留30分鐘，以便出現疫苗不良反應能及時治療。