早在HPV疫苗出現時，關於HPV疫苗副作用的各種謠言也跟着漫天飛。
HPV疫苗剛出現的時候，日本NHK網站曾報道，當時有30多例本女性接種HPV疫苗後出現渾身疼痛，病情經過治療不見好轉。當時日本厚生勞動省（MHLW）更因此呼籲日本民眾停止接種宮頸癌疫苗。
隨後又有一份來自墨西哥研究者的報告稱，搜集了13個國家的45份病例後發現，這45份病例都表示，在注射疫苗後出現了可能致殘的慢性神經性疼痛；此外，丹麥也曾發表了一篇類似內容的報告，指出疫苗的問題。
一時之間，很多女性都打消接種HPV疫苗的念頭，並表示正持觀望態度，待官方公布具體結果。時至今日關於HPV疫苗的副作用依然層出不窮，但香港時代醫療可以肯定地說，絕大多數人接種HPV疫苗都是安全，只有少數人接種疫苗可能會出現局部紅腫、發熱、蕁麻疹等輕微不良反應，短則幾小時，長則2~3天，癥狀就會消失，極少數人會出現嚴重不良反應。
為什麼這樣說呢？
首先，如果謠言真實存在，HPV疫苗基本不會在我國出現。畢竟我國對準入疫苗安全性的標準還是很高的，根據我國藥品註冊管理法規定，進口葯企在中國申請新葯註冊，應當進行符合技術要求的中國本土人群的臨床試驗。（正是因為九價HPV疫苗需要經過層層關卡，所以延遲4年時間才在我國獲批上市。）
其次，根據世界衛生組織的一系列研究表明，目前還沒有發現那些不良反應跟疫苗接種有直接關係，例如：HPV疫苗需要一年內接種完成，若這年你患上感冒，這並無證據證明感冒與接種疫苗有關。
此外，關於HPV疫苗剛上市在日本、澳大利亞、美國等國家發生的HPV不良事件，大多是經不起推敲的，雖然他們有相關網站去收集疫苗不良反應，還有不少反對疫苗的組織提供證據，但在科學、嚴謹的研究面前並沒太多意義。最重要是，現在不少發達國家都基本上完成所有適齡人群接種的工作。
最後，香港時代醫療提醒，無論是否有過性行為或曾/正感染HPV，最好都去接種HPV疫苗，畢竟HPV病毒亞型多達150多種，即使你已經感染其中一種，接種九價疫苗也能幫你減少感染其他病毒亞型的風險。另外，接種疫苗後也不要忘記定期進行宮頸癌檢查，正如剛剛所說的，HPV病毒亞型那麼多，即使強大如九價疫苗也不過預防其中常見的9種，定期檢查才能及早發現，及早採取有效措施，預防宮頸癌的發生。