雖然疫苗對嬰幼兒的健康非常重要，但也不是所有寶寶都適合接種，例如：
1.寶寶對疫苗某些成分過敏的，應避免接種，以便發生嚴重過敏反應。若家長並不知道寶寶對疫苗哪些成分過敏，建議先進行過敏原測試，以了解寶寶的過敏情況，並在接種疫苗前告知接種門診的醫生，由醫生判斷是否接種疫苗。
2.若寶寶患上神經性系統疾病，包括未控制的癲癇、嬰兒痙攣或進行性腦病等，應慎重接種疫苗，並且不要接種含有乙腦、流腦、百日咳等抗原的疫苗。
3.若寶寶有先天性獲得性免疫缺陷、惡性腫瘤、以及應用皮質固醇、烷化劑、抗代謝藥物或放射治療而免疫功能受到抑制的，不能接種減毒活疫苗，部分疫苗可選擇滅活疫苗代替。但是家長們也需注意寶寶對滅活疫苗的反應，若反應效果較差，需在醫生指導下補種。
此外，若寶寶出現以下情況，最好過段時間再打：
① 寶寶發熱超過37.5℃，或病情症處於急性期、癥狀較為嚴重的，因此時寶寶免疫力較差，接種疫苗後不但達不到理想的預防效果，甚至有可能加重病情或出現不良反應，應待痊癒或癥狀緩解後，在醫生指導下接種疫苗。
② 低出生體重兒與出生合併其他疾病的早產兒，等疾病控制穩定及體重達標後及時補種卡介苗，乙肝疫苗可適當接種。
③ 若寶寶使用過免疫球蛋白或正接受免疫抑製劑治療，待治療結束至少3個月以後，按醫生指導接種減毒活疫苗。