一般來說，如果想鑒定沒出生寶寶與疑似父親的關係，主要是通過取得胎兒的DNA與疑似父親的DNA進行遺傳學和分子生物學上的配對。
在DNA親子鑒定普及前，大多醫院都是採用「羊水穿刺」進行胎兒親子鑒定。
羊水穿刺親子鑒定主要是利用注射器在子宮羊膜腔內抽取胎水作化驗樣本，透過提取胎水中的胎兒DNA與疑似父親的DNA進行配對，以判斷胎兒與疑似父親之間的關係。羊水穿刺的準確率雖然高，但由於此技術屬於侵入式檢測手術，無法保證羊水穿刺一定不會對胎兒及孕婦造成任何影響。在採集過程中，孕婦有機會出現陰道出血、痙攣等情況，極少數案例出現胎兒致殘、流產等嚴重情況。因此，大多孕婦都拒絕進行羊水穿刺胎兒親子鑒定，而選擇待寶寶出生後再進行親子鑒定。
而DNA親子鑒定的出現無疑是避免了羊水穿刺的局限性，通過抽取孕婦的少量血液，提取當中的胎兒DNA與疑似父親的DNA進行配對。由於此技術屬於非侵入性檢測，整個採集樣本過程都非常安全且對胎兒和孕婦無任何傷害，因而受到不少人的關注和信任。