由於肺炎鏈球菌對抗生素的耐藥性日益嚴重，因此接種肺炎鏈球菌疫苗是預防肺炎鏈球菌入侵的最有效方法。
目前在我國內，肺炎鏈球菌疫苗的接種程序為3+1，即兒童在 1.5～7 月齡之間接種 3 劑，每兩針之間間隔 4～8 周；在 12～15 月齡間加強 1 劑，一共 4 劑。
關於肺炎鏈球菌的不良反應，其實與其他嬰幼兒疫苗並無明顯區別，包括：發熱，食慾下降，注射部位紅腫、疼痛等，但一般均可自愈，無需特殊處理。若寶寶接種疫苗後出現發熱超過38.5℃且持續不退，並伴有精神不振、嗜睡等其他癥狀，可按照說明書服用退燒藥。一般退燒藥對疫苗的保護效果沒有太大影響。
肺炎鏈球菌危害大，因此家長應該及早帶寶寶接種肺炎鏈球菌疫苗，同時注意個人和環境衛生，這樣才不會讓病菌有機可乘。