雖然治療肺炎鏈球菌的首選依然是抗生素，但可惜的是，由於抗生素的濫用，因此肺炎鏈球菌對常用抗生素已產生明顯的耐藥性。因此要治療肺炎鏈球菌及其引起的急症，需要同時或交替使用多種抗生素才可以有效治療，這大大增加了治療難度。