基因檢測中心表示，目前針對產前親子鑒定的方法主要有以下四種：

1. 羊水穿刺：通常在妊娠中期(孕17周以後)時進行，醫生會在B超的引導用穿刺針經腹壁、子宮壁穿刺到羊膜腔內，抽取羊膜腔中的羊水並從中提取胎兒的DNA以作檢驗樣本之用。這種方法的準確率比較高，但存在一定的宮內感染、流產等風險。

2. 絨毛穿刺：又稱絨毛膜穿刺術，同樣是在B超的引導下，使用穿刺針經孕婦的腹壁、子宮頸送入胎盤絨毛部分，用空針管吸取少量絨毛並提取胎兒的DNA與疑似父親DNA樣本進行對比，以判斷二人關係。由於絨毛穿刺的流產和畸胎風險高於羊水穿刺，因此醫生通常不建議通過該方式進行親子鑒定。

3. 無創DNA檢測：通過採集孕媽媽的靜脈血，提取血液中的胎兒遊離DNA與疑似父親的DNA樣本作為對比。一般來說，每個人都有23對(46條)染色體，而同一對染色體同一位置上的一對基因(即等位基因)，通常是一個來自父親，一個來自母親。當檢測某個DNA位點的等位基因，如果一個與母親相同，另一個就應該與父親相同，否則存在疑問。

進行DNA檢測時，通常會選取十幾至幾十個DNA位點作檢測，如果全部一樣，就可以確定親子關係，如果有3個以上的位點不同，則可排除親子關係，有一兩個位點不同，則應考慮基因突變的可能，加做一些位點的檢測進行辨別。DNA親子鑒定，否定親子關係的準確率幾近100%，肯定親子關係的準確率可達到99.99%。

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