正常來說，香港親子鑒定在否定親子關係的準確率為100%，肯定親子關係的或然率為99.99%。

為什麼肯定親子關係的準確率不是100%?

這是因為考慮到基因突變的情況，不同個體之間的基因是不可能完全符合，因此親子鑒定也就無法達到所謂的100%。一般當親緣概率為99.99%以上，法律即支持存在親緣關係。

另外，人體有30億個鹼基對、2萬多個基因，如果全部都用於檢測，考慮到成本因素，那肯定不是幾千大洋就能解決的事情，因此大多親子鑒定只會檢測16-32個左右的基因。

假設我們針對兩位受測者的20個基因進行檢測，如果兩人的基因全部一致，那就可以確定二人的親子關係;如果有1-2個基因不同，那可考慮基因變異情況，再抽取幾個進行檢測;如果有3個以上的基因是不一樣的，那就基本可以確定二人是非親子關係。但要注意的是，即使這20個基因完全相同，但基於科學嚴謹性，就寫確認親緣關係為99.99%。

除此之外，親子鑒定的準確率還與受測者所提供的樣本有關。正常來說，人體任何部位的DNA都可以用來做親子鑒定，並且準確率都是一樣的。不存在用血液樣本做的準確，用別的部位的樣本不準確的情況，但部分樣本如不帶毛囊的頭髮，有可能因為細胞數量不足而導致檢測失敗。

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