當胎兒遺傳意義上的父親是誰而不得知時，可通過產前親子鑒定來找出真相。產前親子鑒定可從孕婦羊水、胎兒絨毛或母體靜脈血中提取胎兒DNA，來利用基因技術鑒定胎兒DNA和疑似DNA父親的匹配性，從而確認父子關係。
產前親子鑒定的方法：
1. 羊水穿刺：通常在孕期16周後進行，婦產科醫生在B超的監測下從產婦的腹壁內抽出少量的羊水做為樣本。
2. 絨毛穿刺：通常在懷孕第10周-13周進行，抽出絨毛膜細胞組織(最終形成胎盤)的一小部分作為化驗的樣本。
3. 無創產前親子鑒定：抽取靜脈血相對簡單，孕婦懷孕7周以上，保證衛生的前提下用抗凝管抽取孕婦手臂靜脈血10ml左右。
一般來說，羊水穿刺和絨毛穿刺屬於侵入性檢查手段，存在一定的胎兒致殘、流產等風險。