老實說，這個問題至今醫學界仍未沒有答案，目前較為認同的主要有：
• 兒童腸道屏障功能不完善
正常來說，胃腸道在接受外來食物時，會將這些食物消化為小分子的營養物質並進行吸收。但小朋友胃酸分泌少，胃腸蛋白酶含量低，未必能將所有食物完全消化；再者，孩子腸道細胞間隙大，使食物大分子容易穿過，因而激活免疫系統引起過敏反應。
另外，人體胃腸道分泌的IgA可防止抗原被免疫系統抓到，但兒童胃腸道分泌的IgA量少也有機會導致過敏。
• 免疫功能不成熟
嬰幼兒免疫系統相對不成熟，為了保護較弱的機體，它們會對外來物的審查特別嚴格，因此特別容易將外來物當成抗原處理，引起過敏。待免疫系統成熟了，什麼大風大浪都見過了，過敏情況也會好轉。
• 家裡太乾淨
免疫系統要麼去抗感染，要麼去過敏，一個強了，另一個就會弱。如果家裡太乾淨，人體無法接觸到細菌和病毒，免疫系統就不會往感染的方向（Th1）發展，而是嚮導致過敏的方向（Th2）發展。因此，環境越乾淨，越容易出現失誤過敏。
• 使用抗生素太多
腸道菌群及其分泌代謝產物會在腸粘膜上形成保護層，避免食物過敏原穿過腸道黏膜，被免疫系統誤判。另外，腸道微生物群還具調節免疫功能，避免其向Th2方向發展。若抗生素使用過多，導致腸道菌群失衡，繼而加重過敏癥狀。
• 太早或太晚接觸食物
剛才說過，過早接觸食物會激活敏感且不成熟的免疫系統，導致過敏癥狀；但過晚接觸某些食物，如花生等，也同樣會增加過敏的發病率。此情況的具體原因尚未明確，估計和免疫系統對食物耐受有個「窗口期」有關。