疾病易感基因檢測報告的解讀需要從基因、臨床癥狀、ACMG評級、遺傳方式、家族史等方面進行綜合分析。下面,
香港基因檢測中心就以下圖為例:
①RAD21 (NM_006265):RAD21代表發生變異的基因,NM_006265代表轉錄本號。
由於不同轉錄本中對同一個位點的描述(包括核苷酸、氨基酸的位置)是不同的,因此在報告中同樣會標註核苷酸、氨基酸的位置所對應的轉錄本,方便位點的查找及核對。
②chr8:117870653:chr8表示變異基因在8號染色體;117870653表示發生的突變位點位於8號染色體上的117870653位置。
③核苷酸變化:c.415_419del,代表415到419的5個鹼基缺失。
其他核苷酸變化類型,包括:
▪ 替換:c.415A>G,代表A鹼基被G鹼基替換
▪ 重複:c.415_419dup,代表415到419鹼基的重複
▪ 插入:c.415_419insAGC,代表AGC序列插入到415與419核苷酸之間
▪ 缺失-插入:c.415_419delinsAG,代表415到419之間5個鹼基發生了缺失,同時插入了AG兩個鹼基
④ 氨基酸變化/變異分類:一般來說,3個核苷酸密碼子對應編碼一個氨基酸。如果核苷酸發生變化,可能會導致氨基酸發生變化:
▪ 移碼變異:c.415_419del,p.Arg139GlyfsTer19,代表因415到419的5個鹼基缺失,使編碼的第139位Arg(精氨酸)開始發生改變,在改變後的第19個Gly(甘氨酸)終止。
▪ 錯義變異:c.415G>A,p.Asp139Asn,代表第415位G鹼基被A鹼基替換,導致Asp(天冬氨酸)變為Asn(天冬酰胺)。
▪ 無義變異:c.415G>A,p.Asp139Ter,代表第415位G鹼基被A鹼基替換,導致該基因的第139個氨基酸由Asp(天冬氨酸)變為終止密碼子。
▪ 同義變異:c.415G>A,p.Asp139Asp,代表第415位G鹼基被A鹼基替換,但該基因的第139個氨基酸沒有發生改變。
▪ 剪接位點變異:c.415+5T>A,—,代表該基因編碼序列第415位鹼基的第5個鹼基T變異為鹼基A,但沒有直接導致氨基酸的變化。
▪ 框內變異:c.415_419del,p.Glu138_Glu139del,代表因415到419的5個鹼基缺失,導致138和139位的氨基酸缺失。
⑤ 變異類型:雜合,代表基因座上含有兩個不同的等基因的個體。
其他變異類型,包括:
▪ 純合:基因座上含有兩個相同的等位基因的個體
▪ 半合子:半合子具有二組相同的染色體組,但有一個或多個基因是單價的,沒有與之相對應的等位基因
⑥ ACMG評級:2015年由國醫學遺傳學與基因組學學會(ACMG)編寫和發佈了《ACMG遺傳變異分類標準與指南》。該指南將變異位點的致病、良性證據列為具體的28條評判標準,產生五個類別的致病性分類:致病,可能致病,臨床意義不明,可能良性,良性。
該指南是多學科專家基於大量臨床案例和豐富經驗建立的,可以為分析受檢者位點的致病性提供一定參考,但考慮到個體情況不同,不能統一分類,更不能作為致病性判斷結論,需要同時結合受檢者的臨床癥狀、遺傳方式、家族史等方面綜合判斷。
⑦ 家系來源驗證:對比父親、母親等其他家系成員的基因情況,判斷受檢者的位點是遺傳自誰。
⑧ 入選理由:臨床癥狀與變異基因相關疾病表型相匹配的關鍵字。
⑨ 遺傳方式:不同疾病的遺傳方式也不同,大致分為:
▪ 常染色體顯性遺傳(AD):雜合變異可導致發病
▪ 常染色體隱性遺傳(AR):純合或複合雜合變異可導致發病
▪ X連鎖顯性遺傳:女性雜合可導致發病,男性半合子導致發病
▪ X連鎖隱性遺傳:男性半合子發病
▪ Y連鎖遺傳:變異發生在男性的Y染色體上,只能從父親傳給兒子
▪ 線粒體遺傳:母系遺傳,只有女性能夠通過線粒體遺傳給子代,父親不會把疾病傳遞給子代
以上就是關於「疾病易感基因檢測報告怎麼看」的內容,在分析檢出位點致病性時,往往需要結合受檢者本身的臨床癥狀及家系成員的位點攜帶情況及其臨床癥狀結合分析,因此香港基因檢測中心建議,做疾病易感基因檢測時,盡量提供詳細的臨床信息及家族史、家系樣本進行來源分析,有利於致病性的判斷及提高檢出率。