09.03.2021
癌症基因檢測報告怎麼判讀?
這個問題比較複雜,Medtimes一時三刻很難解釋清楚個中緣由,但可以給大家提供判讀癌症基因檢測結果的四個要點:
1. 基本信息
拿到癌症基因檢測報告,首先要了解報告上的基本信息,包括:診斷信息、樣本類型、取樣部位、取樣手段、用藥史等。
2. 丰度
在腫瘤學中,所謂EGFR基因突變的分子丰度並沒有統一的定義和標準,一般指突變型EGFR突變基因相對或絕對定量值。後來研究者將丰度定義為突變分子數在總的DNA中所佔濃度。
丰度高低與樣本、檢測方式、質控等相關。
如大部分晚期患者通過氣管鏡或穿刺取材,如果病灶組織有包塊,或組織炎性肉芽混合別的成分,測不出丰度也不是少見狀況。
另外,多線治療患者由於穿刺存在困難或腫瘤異質性明顯,多用胸水或血液標本。但體液樣本隊CNV的檢測敏感性明顯低於突變、重排等變異形式,或因腫瘤負荷低,導致基線ctDNA含量差異,因此會出現不同樣本類型的丰度差異很大。
因此,對於已經接受治療出現進展的患者,有條件情況下應該是「哪裡有進展,取哪裡的樣本」;同時也不必過分在意丰度高低,而應將丰度變化作為動態監控,通過變化趨勢預測當前治療效果。
3. 基因變異級別和藥物證據等級
按照臨床意義,基因變異級別的重要性及其藥物證據可分為四個等級:
• Ⅰ類變異:具有明確臨床意義的變異。(具有A級或B級藥物證據)
藥物證據:
A級:FDA(美國食品藥品監督管理局)批准或專業臨床指南推薦;業界指南中定義的特定腫瘤診斷/預後因子。
B級:經過具有足夠統計學效能的臨床研究證實,並獲得該領域專家的共識;經過具有足夠統計學效能的臨床研究證實其診斷/預後價值。
• Ⅱ類變異:具有潛在床意義的變異。(具有 C級或D級藥物證據)
藥物證據:
C級:其他癌種中的A級證據(跨適應證用藥,即其他癌種用藥)、或已作為臨床試驗的入組標準;多項小型研究支持其診斷/預後價值。
D級:臨床病例報道或臨床前證據支持,小型研究或個案報道提示其輔助診斷/預後價值(獨立或聯合其他標誌物)。
• Ⅲ類變異:臨床意義不明。
藥物證據:
在全人群或特定人群數據庫中、泛癌種或特定腫瘤數據中均未觀察到較高變異頻率;缺乏令人信服的已發表腫瘤相關證據。
Ⅳ類變異:已知無臨床意義。(無害或可能無害)
藥物證據:
全人群或特定人群數據庫中觀察到高變異頻率;無已發表的腫瘤相關證據。
對於多基因變異、特別是多個潛在驅動變異共存的情況,要結合腫瘤類型、既往治療史、相對突變丰度、既往分子檢測結果等信息綜合判讀,以推測不同變異之間的邏輯關係,指導後續治療。
4.腫瘤負荷突變
腫瘤負荷突變(TMB)即腫瘤基因組編碼區包含的非同義突變的數量或密度(突變數/Mb),是腫瘤新抗原負荷的替代指標。簡單來說就是,患者腫瘤組織中具有多少個基因變異,突變的基因越多,越有可能產生更多異常的蛋白,越有可能被免疫系統識破。
要評估TMB水平及其可信度,首先所選擇的panel不能太小,否則無法準確測算TMB。除此之外,還需要通過TMB絕對值及該數值在已檢測的腫瘤樣本中的相對排序等。
理論上,TMB水平低,可能預示靶向效果相對較好;TMB水平高,則可能預示免疫治療獲益相對高。
5.微衛星不穩定性
微衛星不穩定性(MSI)檢測對於多種實體瘤患者具有重要臨床意義。多個研究表明,dMMR/MSI-H患者能夠從免疫檢查點抑製劑中獲益,且不限癌種。因此MSI 成為了所有實體瘤中免疫治療療效的預測因子之一。
6. 質量控制
拿到癌症基因檢測報告後,很多人都只會看「是否檢測出明確突變」,而忽略以附錄形式出現在報告主體內容後的「附加信息」。
一份報告的結果是否真實可靠,就是依賴於這些看似不起眼的「 附加信息」,包括檢測方法、檢測內容、質控參數 、局限性說明等。
如今患癌人數逐年增加,普通人想要預防癌症,除了養成良好的生活習慣,為自己選購一份合適的防癌體檢方案,才能真正做到「早預防、早診斷、早治療」,遠離癌症的困擾。
1. 基本信息
拿到癌症基因檢測報告,首先要了解報告上的基本信息,包括:診斷信息、樣本類型、取樣部位、取樣手段、用藥史等。
2. 丰度
在腫瘤學中,所謂EGFR基因突變的分子丰度並沒有統一的定義和標準,一般指突變型EGFR突變基因相對或絕對定量值。後來研究者將丰度定義為突變分子數在總的DNA中所佔濃度。
丰度高低與樣本、檢測方式、質控等相關。
如大部分晚期患者通過氣管鏡或穿刺取材,如果病灶組織有包塊,或組織炎性肉芽混合別的成分,測不出丰度也不是少見狀況。
另外,多線治療患者由於穿刺存在困難或腫瘤異質性明顯,多用胸水或血液標本。但體液樣本隊CNV的檢測敏感性明顯低於突變、重排等變異形式,或因腫瘤負荷低,導致基線ctDNA含量差異,因此會出現不同樣本類型的丰度差異很大。
因此,對於已經接受治療出現進展的患者,有條件情況下應該是「哪裡有進展,取哪裡的樣本」;同時也不必過分在意丰度高低,而應將丰度變化作為動態監控,通過變化趨勢預測當前治療效果。
3. 基因變異級別和藥物證據等級
按照臨床意義,基因變異級別的重要性及其藥物證據可分為四個等級:
• Ⅰ類變異:具有明確臨床意義的變異。(具有A級或B級藥物證據)
藥物證據:
A級:FDA(美國食品藥品監督管理局)批准或專業臨床指南推薦;業界指南中定義的特定腫瘤診斷/預後因子。
B級:經過具有足夠統計學效能的臨床研究證實,並獲得該領域專家的共識;經過具有足夠統計學效能的臨床研究證實其診斷/預後價值。
• Ⅱ類變異:具有潛在床意義的變異。(具有 C級或D級藥物證據)
藥物證據:
C級:其他癌種中的A級證據(跨適應證用藥,即其他癌種用藥)、或已作為臨床試驗的入組標準;多項小型研究支持其診斷/預後價值。
D級:臨床病例報道或臨床前證據支持,小型研究或個案報道提示其輔助診斷/預後價值(獨立或聯合其他標誌物)。
• Ⅲ類變異:臨床意義不明。
藥物證據:
在全人群或特定人群數據庫中、泛癌種或特定腫瘤數據中均未觀察到較高變異頻率;缺乏令人信服的已發表腫瘤相關證據。
Ⅳ類變異:已知無臨床意義。(無害或可能無害)
藥物證據:
全人群或特定人群數據庫中觀察到高變異頻率;無已發表的腫瘤相關證據。
對於多基因變異、特別是多個潛在驅動變異共存的情況,要結合腫瘤類型、既往治療史、相對突變丰度、既往分子檢測結果等信息綜合判讀,以推測不同變異之間的邏輯關係,指導後續治療。
4.腫瘤負荷突變
腫瘤負荷突變(TMB)即腫瘤基因組編碼區包含的非同義突變的數量或密度(突變數/Mb),是腫瘤新抗原負荷的替代指標。簡單來說就是,患者腫瘤組織中具有多少個基因變異,突變的基因越多,越有可能產生更多異常的蛋白,越有可能被免疫系統識破。
要評估TMB水平及其可信度,首先所選擇的panel不能太小,否則無法準確測算TMB。除此之外,還需要通過TMB絕對值及該數值在已檢測的腫瘤樣本中的相對排序等。
理論上,TMB水平低,可能預示靶向效果相對較好;TMB水平高,則可能預示免疫治療獲益相對高。
5.微衛星不穩定性
微衛星不穩定性(MSI)檢測對於多種實體瘤患者具有重要臨床意義。多個研究表明,dMMR/MSI-H患者能夠從免疫檢查點抑製劑中獲益,且不限癌種。因此MSI 成為了所有實體瘤中免疫治療療效的預測因子之一。
6. 質量控制
拿到癌症基因檢測報告後,很多人都只會看「是否檢測出明確突變」,而忽略以附錄形式出現在報告主體內容後的「附加信息」。
一份報告的結果是否真實可靠,就是依賴於這些看似不起眼的「 附加信息」,包括檢測方法、檢測內容、質控參數 、局限性說明等。
如今患癌人數逐年增加,普通人想要預防癌症,除了養成良好的生活習慣,為自己選購一份合適的防癌體檢方案,才能真正做到「早預防、早診斷、早治療」,遠離癌症的困擾。