流感疫苗副作用其實與其他疫苗無疑，部分接種者在接種後可能會出現注射部位疼痛、紅腫等不良反應，少數接種者會出現全身輕微反應，包括發燒、頭痛、肌肉酸痛、噁心，以及皮膚過敏等，一般1-2天內會自行緩解；極少數接種者出現持續發燒（3天以上）、嚴重過敏反應（如呼吸困難、氣喘、眩暈、心跳加速等），甚至器官衰竭等，Medtimes提醒若接種者接種疫苗後出現嚴重不良反應，應儘快就醫。
然而，去年十月傳出韓國多人在接種流感疫苗後出現死亡的案例，對此很多人都對流感疫苗的副作用表示質疑，甚至因而拒絕接種流感疫苗。而據韓國官方表示，目前已對接種流感疫苗後死亡案例展開詳細且深入的調查和分析，從現有資料顯示流感疫苗接種與這些死亡案例之間的關聯性很低，並呼籲流感高危人群應儘早在流感高發季節前儘早接種。
Medtimes提醒，為避免接種流感疫苗後出現嚴重不良反應，接種後最好在疫苗接種中心逗留30分鐘以上，以便出現異常狀況能及時尋求專業醫護人員的幫助。