由於三種產前親子鑒定都是透過抽取胎兒DNA進行測序、生物信息分析，從而得到胎兒的遺傳信息，並與假定父親的DNA信息進行比對，確認彼此關係。
因此這三種方法的準確率均可達到99.99%以上。
既然說準確，為何不是百分之百？
不同個體之間的基因是不可能完全符合，因此親子鑒定也就無法達到所謂的100%準確率。一般當親緣概率為99.99%及以上，法律上即支持存在親緣關係；當出現三個或三個以上位點不同時，即排除親緣關係。
另外，人體有30億個鹼基對，2萬多個基因，如果全部都用於檢測，考慮到成本因素，那就不是幾千大元就能解決的事情，因此大多親子鑒定只會檢測16-32個左右的基因。
舉個例子，假設我們檢測20個基因，通過判定這20個基因是否全部來自父母，如果全部與父母基因一致，那就可以確定親生；如果有1-2個基因不同，那可考慮基因變異情況，在抽取幾個進行檢測；如果有3個以上在父親和母親的基因中找不到，那基本可以確定非親生。
即使這20個基因完全相同，但基於科學嚴謹性，就寫確認親緣關係為99.99%。