目前醫學界常用的產前親子鑒定方式主要有三種，並且各自有各自的特定和相應的技術：
①  絨毛取樣胎兒親子鑒定
一般在懷孕10-13周進行，透過B超檢查確認胎兒與胎盤位置，經子宮頸或腹壁穿刺取樣，刮取絨毛膜進行分析。
優點：可讓孕婦在懷孕早期明確胎兒的生物學父親，及時採取措施，決定保住胎兒或進行人工流產。
缺點：採集絨毛過程中，有機會出現出血、感染、羊水漏、呼吸窘迫、早產、胎兒損傷、流產等併發症風險。
②   羊水穿刺胎兒親子鑒定
一般在懷孕4個月後進行，透過B超檢查確認胎兒與胎盤位置，將一根細長針穿過孕婦的肚皮、子宮壁，進入羊水腔，抽取羊水進行分析。
優點：流產和併發症幾率比絨毛穿刺少。
缺點：明確胎兒的父親時間較晚，如果這時將胎兒引產對孕婦損傷較大。
③   無創胎兒親子鑒定
懷孕7周就可抽取孕婦血液進行分析。
優點：無創，風險率幾乎為零；孕期早，為孕婦留足決定時間；懷孕7周-生產前都可進行；無需空腹且操作簡單方便等。
一般而言，傳統的入侵性樣本採集方法，如絨毛取樣或羊水穿刺，對母體及胎兒均有風險，並且需要懷孕至少10周才能進行；而無創胎兒親子鑒定技術在全球發展已超過十年，且安全性高、準確度高、孕期早等優點，在婦產科被廣泛接受和應用。