目前我國流感疫苗主要有三種，分別是：三價滅活流感疫苗、四價滅活流感疫苗，以及三價鼻噴流感減毒疫苗。不同疫苗接種方式，其表現出的不良反應也各不相同，下面就由香港疫苗中心簡單說說。
一、 肌肉注射（三價/四價滅活流感疫苗）
通過肌肉注射的滅活流感疫苗常見副作用主要表現為兩類：
局部反應：接種部位紅腫、硬結、疼痛、灼燒感等。
全身反應：發熱、頭痛、頭暈、嗜睡、乏力、肌肉酸痛、周身不適、噁心、嘔吐、腹痛、腹瀉、過敏等。
而上述副作用都有以下兩大特點：
1.  癥狀大多輕微，極少有重度反應。
2.  癥狀幾乎可在幾天內自行消退。
二、鼻噴接種（鼻噴流感減毒疫苗）
根據我國2020年鼻噴流感減毒疫苗Ⅲ期臨床實驗結果顯示：
1. 十分常見的不良反應種類（發生概率≥10%）：發熱、鼻涕、鼻塞。
2. 常見的不良反應種類（1%≤發生概率＜10%）：咽痛、頭痛、乏力或嗜睡、嘔吐、食欲不振、咳嗽、上呼吸道感染、肌肉痛、噁心、煩躁等。
3. 偶見不良反應種類（0.1%≤發生概率＜1%）：過敏反應、關節痛、鼻咽炎和寒戰。
* 由於尚未開始上市後大規模的人群監測，因此疫苗不良反應信息管理系統中還沒有關於鼻噴減毒疫苗的不良反應事件報告。
從數據上看，鼻噴流感減毒疫苗的整體安全性良好，而國外同類產品的安全性數據類似，不良反應輕微且可自愈，嚴重不良反應罕見。
但因為此疫苗在我國剛開始實際應用，為了避免可預測的不良反應發生，接種人員和受種者都應該嚴格遵守鼻噴流感疫苗的禁忌症，如：
①  避免使用肌肉注射方式接種鼻噴流感疫苗；
②  有鼻炎或哮喘患者避免使用鼻噴流感疫苗；
③  免疫功能受損患者避免接種活疫苗；
④  接種疫苗後需在疫苗中心觀察30分鐘，確保沒有嚴重過敏反應發生再離開等。