在接種HPV疫苗過程中，部分接種者可能會出現接種部位紅腫、疼痛；輕微噁心、嘔吐等輕微HPV疫苗不良反應。一般來說，接種者過分擔心，因為這種輕微不良反應一般會在3~5天內消失。
另外為了減少接種者在接種HPV疫苗後出現不良反應的風險，以下人群在接種HPV疫苗是需謹慎：
① 絕對不能接種：對HPV疫苗中任何成分出現嚴重過敏者；
② 暫時不能接種：患有中度或重度疾病、急性嚴重發熱疾病者，應等待疾病好轉後由醫生評估是否能接種。
③ 存在免疫抑制或使用免疫抑製藥物並不是HPV疫苗接種的禁忌症，但患有免疫功能低下或使用免疫抑製藥物者，可能接種HPV疫苗後未必能產生最佳的預防效果。
④ 對於妊娠期婦女，雖然目前尚未發現HPV疫苗對妊娠期婦女有不良影響，但因現有數據有限，無法判斷接種後是否有導致不良妊娠的風險，故建議妊娠期間避免接種。若接種疫苗後發現懷孕，不用終止妊娠，只需中斷接種，建議在醫生的指導下做好孕期檢查，後續劑次推遲至產後即可。
④ 對於哺乳期婦女，從現有證據看，哺乳期女性接種HPV疫苗後，母親和嬰兒發生疫苗相關不良反應的風險並未升高。再者，目前尚未觀察到接種 HPV 疫苗後產生的抗體分泌入母乳的情況，故哺乳期是可以接種 HPV 疫苗的，不影響母乳餵養。
⑤ 既往感染過HPV者，未必會感染HPV疫苗所覆蓋的全部亞型，因此只要在推薦接種年齡範圍內，仍建議接種疫苗，以降低未感染過HPV亞型的感染風險。
另外，HPV疫苗可與其他適齡疫苗在不同部位、使用不同注射器同時接種；使用鎮痛葯、抗生素、維生素和激素類避孕藥，並不會影響 HPV 疫苗的接種效果。
最後，香港疫苗中心提醒，HPV疫苗只具有保護作用，沒有治療作用，而且HPV亞型多達150多種，因此接種HPV疫苗後仍需定期進行宮頸檢查，以降低宮頸癌的發生。