雖然懷孕期被檢查出HPV可以根據孕婦情況，待生產後再接受治療，但香港時代醫療集團還是建議，為了減少寶寶感染HPV的風險，最好在懷孕前完成整個HPV疫苗接種流程。但這裡有個問題，若打了HPV第二針後懷孕了怎麼辦，是繼續停止妊娠還是繼續妊娠，是繼續接種疫苗還是待寶寶出生後再接種疫苗？
HPV疫苗屬於滅活疫苗（死疫苗），即對HPV進行培養後，通過加熱或化學劑等方法將它滅活，使其喪失毒性但仍保留免疫抗原性而製成的疫苗。因此，接種HPV疫苗後即使發現懷孕了，也不必過分擔心，仍然可以繼續妊娠下去，且HPV疫苗對寶寶不會產生不良影響。
另外，美國FDA（食品藥品監督管理局）對HPV疫苗的孕期用藥分類為B類，即在動物繁殖研究中（並未進行孕婦的對照研究），未見到藥物對胎兒造成不良影響；或在動物繁殖性研究中發現藥物有副作用，但該副作用並未對在設對照的、妊娠首3個月的婦女中得到證實（也沒有在其後6個月具有危害性的證據）。
所以，如果已經接種HPV疫苗後發現懷孕，可暫停後續的疫苗注射，待分娩後再接種剩餘的疫苗；至於哺乳期，由於目前並沒有任何資料表明「HPV疫苗會對母體和嬰兒有任何影響」，因此哺乳期間仍可繼續接種HPV疫苗
香港時代醫療集團表示，根據目前「UpToDate臨床顧問」的資料顯示：除天花和黃熱病疫苗外，對哺乳期婦女接種的滅活疫苗和減活疫苗均不影響婦女及其嬰兒母乳餵養的安全性。另外，哺乳期婦女接種疫苗，不但不會將病毒傳給寶寶，反而會將抗體通過乳汁傳給寶寶，增加寶寶抵抗該病毒的能力，減少患病的風險。