根據孟德爾定律，每個人都有23對(46條)染色體，而同一對染色體同一位置上的一對基因，我們稱之為等位基因。等位基因一般一個來自父親，一個來自母親，因此當檢測到某個DNA位點的等位基因，如果一個與母親相同，另一個就應該與父親相同，否則就存在疑問。

無創DNA親子鑒定針對十幾至二十幾個DNA位點進行檢測，如果全部一樣就可以確定親子關係;如果有3個以上的位點不同，可排除親子關係;如果有一、兩個位點不同，考慮基因突變的可能，則需要加做一些位點進行檢測辨別。

產前親子鑒定結果與出生後的一樣嗎?香港基因檢測中心表示，人的基因從受精卵結合的時候已經「定型」了，所以後期不管怎麼變化，基因幾乎不會改變，而DNA親子鑒定技術的重點就是匹配基因位點的相同度，所以不管產前還是產後做都一樣，其DNA檢測結果也是一樣的。

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