由於結直腸癌的家族聚集現象很常見，研究表明大約1/4以上的結直腸癌有遺傳背景，因此疾病基因檢測成為高危人群預防結直腸癌的重要手段。
以林奇綜合征（Lynch Syndrome）為例，
林奇綜合征，又稱為傳性非息肉病性結直腸癌（HNPCC 綜合征），是最常見的遺傳性結直腸癌相關綜合征。林奇綜合征由EPCAM, MLH1,MSH2, MSH6和PMS2的胚系致病性突變相關，終身發病風險約為 50%~80%。
又譬如家族性腺瘤性息肉病（FAP），
家族性腺瘤性息肉病是是第二常見的遺傳性結直腸癌相關綜合征，約佔1%。與林奇綜合征不同，家族性腺瘤性息肉病存在100%發展為結直腸癌的風險。
另外，家族性腺瘤性息肉病的發病非常早，在青春期時患者就會出現多發性的息肉，到35歲後95%的患者發生息肉。在未經干預的情況下，被診斷為結直腸癌的平均年齡大約是 39 歲，截止到 50 歲時 95% 的患者都會發展成為結直腸癌。
針對遺傳性結直腸癌的風險管理措施，香港化驗所有如下建議：
1.減少精細食物、紅肉和加工肉的攝入，多吃粗纖維食物（包括水果、蔬菜、豆類等），有助於減少結直腸癌的發生機會。
2.每天進行30分鐘的有氧運動，促進腸道蠕動，可降低24%左右的結直腸癌風險。
3.戒煙限酒、控制體重，以及保持良好的大便習慣，而減少結直腸癌的發生。
4.若出現莫名消瘦、長期感到腹部不適（如腹痛、腹脹、腹瀉或腹瀉與便秘交替），以及大便呈膿血便或血便，應儘快到醫院就診。
5.30歲以後應每年進行一次結直腸鏡檢查，如有需要，可加做消化道腫瘤標誌物檢查和纖維結腸鏡檢查。