從原理上說，親子鑒定檢測的基因座越多，精度越高。但是DNA親子鑒定只是檢測人類基因中的某個片段，儘管這個片段的遺傳性穩定，不容易基因突變，但是相對人體幾萬個基因片段，幾乎微不足道。所以DNA親子鑒定結果只能無限接近於100%，卻永遠達不到100%。
通過DNA親子鑒定，如果發現孩子的基因均能從父母的基因型中找到來源（或者三個以內找不到來源，因為存在基因突變的可能），那麼就需要計算親權指數CPI或親權概念RCP。如果親權指數CPI＞10,000或親權概念RCP＞99.99%，那就可以確定親子關係；如果低於這個數字，就需要加做位點。
如果發現孩子的基因型中有三個或三個以上不能從父母的基因型中找到來源，那麼可以直接排除他們之間存在親子關係。
親子鑒定，俗稱「綠帽製造機」。有人埋怨，親子鑒定活生生地拆散一個「美滿」家庭；也有人感謝親子鑒定為他們找到真正的親人。事實上，一個美好家庭是基於夫妻二人的忠誠和信任來建立，而DNA親子鑒定只是一個找出「真相」的工具。至於最終的結果如何，更多是看雙方的意願和溝通，絕非將罪過賦予在親子鑒定上。