世衛組織認為兩種疫苗對其覆蓋範圍以外的HPV病毒也可提供一定程度的保護，以HPV 16和18為例，由於兩者的基因排序與HPV 31和45相近，所以注射後，除了可預防HPV16和18，亦可對HPV 31及45等相近類型的病毒帶來一些交叉保護。

現兩種HPV疫苗，均有效預防其疫苗所覆蓋的相關HPV疾病，但最重要的是注射後記得仍需定期進行子宮頸細胞檢查，以得到全面保護。

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