從安全性和有效性來說，三種流感疫苗時沒有明顯的差異；但從接種方式、作用原理及禁忌症和不良反應而言，他們都有着截然不同的特點：
① 接種方式
三價滅活流感疫苗和四價滅活流感疫苗是肌肉注射；三價鼻噴流感疫苗使用的是黏膜接種技術，即通過鼻粘膜吸收進入體內，繼而達到預防效果。
②  作用原理
三價滅活流感疫苗和四價滅活流感疫苗，是通過將活的流感病毒殺滅、分解、純化，保留有效成分製成疫苗，再將疫苗注射進體內，引發免疫反應，從而產生保護性抗體。
三價鼻噴流感減毒活疫苗，則通過將活的流感疫苗進行毒力減弱處理，使病毒保持一定活性，能刺激人體產生抗體而不致病。同時，結合「冷適應」處理，能讓病毒無法在33℃以上環境複製，但可在溫度較低的鼻咽部引起免疫反應，從而形成保護。
③  接種人群
三價滅活流感疫苗和四價滅活流感疫苗主要年齡大於6月齡且沒有相關禁忌症人群均可接種。
三價鼻噴流感減毒活疫苗，目前在內地僅適用於3-17歲人群，其他年齡段人群暫不適用。
④  禁忌症和不良反應
三價滅活流感疫苗和四價滅活流感疫苗的禁忌症和不良反應主要為：
◆  對疫苗中所含任何成分過敏者；
◆  患有急性疾病、嚴重慢性病、正處於慢性病急性發作期的人群，以及發熱者，建議癥狀消退後再接種。
三價鼻噴流感疫苗，除了上述禁忌症外，還包括以下情況：
◇  妊娠期女性；
◇  正處於鼻炎發作期；
◇  2~4歲患有哮喘的兒童；
◇  免疫功能缺陷或低下，以及正接受免疫抑制治療者；
◇  使用阿司匹林或水楊酸，及含這兩種成分藥物治療的患者；
◇  患未控制的癲癇及其他進行性的神經系統疾病者、有格林-巴利綜合征病史者；
◇  在接種前48小時內服用過流感抗病毒藥物（奧司他韋）者，48小時之前使用則可接種。
至於流感疫苗的不良反應，三價鼻噴流感疫苗在生產過程，不需經過病毒滅活和裂解過程，疫苗成本中不含滅活劑、裂解劑和防腐劑，因此不良反應會比三價滅活流感疫苗和四價滅活流感疫苗要低，但仍有可能會出現發熱、鼻涕、鼻塞等輕微不良反應，一般1-3天可自行消退。香港疫苗中心提醒，孩子接種疫苗後別急着離開，最好在接種中心逗留30分鐘觀察孩子情況。