目前內地做胎兒親子鑒定大多選用傳統的入侵性採集方法，如絨毛取樣或羊水穿刺，而香港胎兒親子鑒定大多以DNA親子鑒定為主。
一般情況下，每個人都有23對（46條）染色體，同一對染色體同一位置上的一對基因，我們稱為等位基因。同一個等位基因應該是分別來自父親和母親，因此如果檢測到某個DNA位點的等位基因，一個與母親相同，另一個就應與父親相同，否則就存在疑問了。
香港胎兒親子鑒定透過採集孕婦血液並提取當中的胎兒DNA物質，利用STR DNA技術將胎兒DNA與疑似父親DNA進行比對。
通常，我們會選擇十幾至幾十個DNA位點做檢測，如果全部一樣可確定親子關係；如果有3個以上不同，則排除親子關係；如果有一至兩個位點不同，則考慮基因突變的可能性，加做些位點檢測進行辨別。