接種乙肝疫苗後一般不會影響日常工作和生活，至今少有出現接種乙肝疫苗後引起嚴重副作用的案例。
儘管如此，仍有少數人由於體質問題接種乙肝疫苗後，出現發熱、乏力、噁心、嘔吐、腹痛、腹瀉、皮疹、接種部位紅腫、硬結、疼痛，手臂酸重等與一般疫苗接種無異的輕微反應，或出現暫時性的局部淋巴結腫大或淋巴管炎等局部不良反應，多在12~72小時內自行緩解消退。只有極少數人會出現嚴重不良反應，因此香港疫苗中心提醒，接種疫苗後30分鐘內不要離開疫苗接種中心，以便醫生能及時處理接種乙肝疫苗後的不良反應。
另外，以下人群是需推遲或不適宜接種乙肝疫苗的，如：
① 正在發熱或持續發熱，體溫超過37.5℃者，待體溫恢復正常再接種乙肝疫苗；
② 患有急性或慢性嚴重疾病，如活動性肝炎、活動性肺結核、腎臟疾病、嚴重心臟病等，或痊癒後還不足兩周者，建議推遲接種乙肝疫苗；
③ 已患有乙肝或乙肝病毒攜帶者，無需接種乙肝疫苗，因為其體內已有乙肝病毒，無預防和治療效果；
④ 過敏體質者（哮喘、血清病、過敏性蕁麻疹、對青霉素、磺胺、福馬林等藥物過敏者）需諮詢醫生後再判斷是否可接種乙肝疫苗；
⑤ 嚴重佝僂病、神經系統疾病、先天性免疫缺陷者、重度營養不良及正使用免疫抑製劑者，不宜接種乙肝疫苗；
⑥ 非正常出生的新生兒（低體重、早產、剖腹產等）、非常生理期（月經期、妊娠期、哺乳期等），需諮詢醫生後再判斷是否可接種乙肝疫苗；
⑦ 接種麻疹疫苗者應避免同期接種乙肝疫苗。
最後，香港疫苗中心提醒，乙肝傳播途徑主要有母嬰傳播、血液傳播、醫源性傳播、性傳播以及密切生活接觸傳播這五種。至於與感染者共用餐具或炊具，感染病毒的母親進行母乳餵養、與感染者擁抱、接吻，或感染者咳嗽或打噴嚏，並不會有傳播和感染乙肝病毒的風險。