目前流感疫苗主要分為兩種，分別是注射式流感滅活疫苗和鼻噴式流感減毒疫苗。
● 滅活疫苗是通過加熱或化學劑處理將病毒滅活，以失去自我複製的能力，因此除了接種處可能出現痛楚、紅腫外，幾乎無其他副作用。部分接種者接種後6~12小時內可能出現發燒、肌肉疼痛，以及疲倦等癥狀，這些癥狀通常會在兩天內減退。（若接種者持續出現發燒或不適癥狀，必須立即求醫。）
另外，一些罕見且嚴重的不良情況也可能在接種流感疫苗後出現，如吉-巴氏綜合症以及嚴重過敏反應，但發生幾率非常小，而且接種流感疫苗與這些不良情況未必一定有因果關係。
● 減毒疫苗由於含有已弱化病毒，因此有下列情況人群不易接種減毒流感疫苗，如：
① 對疫苗任何成分過敏或接種任何流感疫苗後曾出現嚴重過敏反應；
② 正服用阿司匹林或含水楊酸鹽藥物的兒童和青少年；
③ 患有哮喘或在過去12個月內曾患上喘鳴的兩歲至四歲兒童；
④ 因任何原因導致免疫功能減弱的兒童及成人；
⑤ 免疫系統嚴重受抑制而需在受保護環境下接受護理的人士之緊密接觸者和照顧着；
⑥ 過去48小時曾服用流感抗病毒藥物。
● 流感疫苗雖含有蛋清蛋白，但疫苗製作過程已經過反覆純化，蛋清蛋白的含量極低，即使對雞蛋過敏人士也可在一般情況下安全接種流感疫苗。