講到HPV，大多數人都會聯想到尖銳濕疣、宮頸癌和陰莖癌等疾病，也因此有人認為只要感染HPV就一定會引起宮頸癌和尖銳濕疣。
雖然HPV的確與這些疾病有關，但也不是一招就讓感染者斃命，原因很簡單：大約70%-80%的人一生中都感染過HPV，但大多都是一過性，而這歸功於我們的免疫系統。所以HPV感染最常見的結局就是約70%的HPV感染者會在1年內被免疫系統清除，90%的HPV感染者則會在2年被免疫系統清除，而這個清除時間的長短主要由HPV的亞型決定，免疫系統低危型HPV需要5-6個月，而高危型則需要8-24個月。
極少數的HPV感染者會因為持續感染（14個月或以上）HPV而最終發展成疾病，比如持續感染低危型HPV會發展為尖銳濕疣；持續感染高危HPV則會發展為宮頸癌、陰莖癌、肛門癌等。