羊水穿刺是在超音波導引之下，利用注射器在子宮羊膜腔內抽取胎水作化驗樣本，由於羊水裡面含有胎兒脫落的細胞，因此利用羊水穿刺進行親子鑒定的準確率還是挺高的，超過99%。
羊水穿刺要求准媽媽至少懷孕10周才可以進行，此外由於這項技術屬於入侵性檢查項目，因此對孕婦和胎兒都會存在一定的風險，如：陰道出血、陰道感染、早產、胎兒損傷、流產等。因此，如能不選用這種方法進行親子鑒定就最好不要用，如果確定要採取此方法，儘量到大型正規的醫院去做，才能確保孕婦和胎兒的健康。