過去基因檢測技術尚未成熟，要檢測胎兒與疑似父親的關係是通過羊水穿刺來確定的。羊水穿刺是利用注射器在子宮羊膜腔內抽取胎水作樣本檢測，抽取羊水後，通過離心技術將羊水當中的脫落細胞離心出來，由於脫毛細胞一般來源於胎兒，所以脫落細胞當中的DNA物質就是胎兒的DNA，最後通過提取的胎兒DNA與疑似父親的DNA進行比對即可。雖然這種方法準確率接近100%，但羊水穿刺始終是入侵性檢查，難以保證不會對胎兒和母體受傷害，常見併發症主要有出血、感染、羊水漏、呼吸窘迫、早產、胎兒損傷、流產等。
因此想準確且安全地進行胎兒親子鑒定，香港基因檢測中心官網建議選用香港胎兒親子鑒定。
香港胎兒親子鑒定只需抽取母體少量血液，從血液中提取胎兒的DNA物質，利用STR檢測DNA進行親子鑒定，作十幾至幾十個DNA位點作檢測，如果全部一樣就可以確定親子關係；如果有3個以上的位點不同，則可排除親子關係；有一兩個位點不同，則考慮基因突變的可能，加做些位點檢測進行辨別。
一般來說，香港胎兒親子鑒定安全性和準確率是很高的，對胎兒和孕婦都不會帶來任何風險，而且否地親子關係的準確率接近100%，肯定親子關係的準確率可達99.99%。